生信技能27 - BAM文件的批量合并

Samtools merge命令

当有多个样本的bam文件时，可以使用samtools的merge命令将这些bam文件进行合并为一个bam文件。合并如果为sort后的bam文件将保持现有排序顺序。

merge命令格式：

 samtools merge [-nur1f] [-h inh.sam] [-R reg] [-b <list>] <out.bam> <in1.bam> [<in2.bam><in3.bam>…<inN.bam]

 参数：

    -l 指定压缩等级；

    -b FILE 输入文件列表，一个文件一行；

    -f 强制覆盖同名输出文件；

    -h FILE 指定FILE内的’@’头复制到输出bam文件中并替换输出文件的文件头。否则，输出文件的文件头将从第一个输入文件复制过来；

    -n 设定输入比对文件是以read名进行排序的而不是以染色体坐标排序的；

    -R STRING 合并输入文件的指定区域；

    -r 使RG标签添加到每一个比对文件上，标签值来自文件名；

    -u 输出的bam文件不压缩；

    -c 当多个输入文件包含相同的@RG头ID时，只保留第一个到合并后输出的文件。当合并多个相同样本的不同文件时，非常有用。

    -p 与-c参数类似，对于要合并的每一个文件中的@PG ID只保留第一个文件中的@PG。

批量合并bam文件

1. 将当前目录下bam文件全部合