RDKit显示原子序号

最新推荐文章于 2024-08-15 17:43:41 发布

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希望在显示分子的时候同时看到原子序号，可以采用下面代码，来源为这里：https://www.rdkit.org/docs/Cookbook.html#drawing-molecules-jupyter

def mol_with_atom_index(mol):
    for atom in mol.GetAtoms():
        atom.SetAtomMapNum(atom.GetIdx())
    return mol

smi = 'NC(=O)C1CN(Cc2nc[nH]n2)C1'
mol = Chem.MolFromSmiles(smi)
mol_with_atom_index(mol)

Molecule without index

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发现rdkit同一个分子不同操作得来的mol都原子排序是不同的解决：以inchi为标准参考 rdkit.Chem.inchi.MolToInchiAndAuxInfo(mol, options=’’, logLevel=None, treatWarningAsError=False) — rdkit文档 auxInfo详细解释在inchi文档 for i,atom in enumerate(mol_H_Rc.GetAtoms()): atom.SetAtomMapNum(i) mol_

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plaintextedit指定一行一行的高亮显示_RDKit | 基于RDKit的指定原子或键高亮

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05-23

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3208

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RDKit|分子修改与编辑

最会设计的科研狗

05-24

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RDKit 操作分子对象

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文章目录1 引入所需库2 获取分子中的原子3 获取原子的坐标信息4 访问单个原子的信息4.1 访问所有原子：5 分子中的键操作5.1 也可以通过索引获取键：6 获取分子中所有的环 1 引入所需库 #! /usr/bin/python # coding: utf-8 # rdkit 操作分子对象 from rdkit import Chem 2 获取分子中的原子 smi='CC(C)OC(=O)C(C)NP(=O)(OCC1C(C(C(O1)N2C=CC(=O)NC2=O)(C)F)O)OC3=CC=CC

CentOs7网卡配置文件修改无效

最新发布

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代码转载自：https://pan.quark.cn/s/8ce4326d996e 对于在 CentOS 7 系统中修改网卡配置文件后无法使设置生效的情况，经过实践验证，可以通过使用 nmcli 命令来进行调整。完成修改之后，需要重新启动虚拟机以使更改生效，这样操作流程即告完成。如果设置仍然无法生效，则表明虚拟机在启动过程中所获取的 IP 地址配置并非针对 eth0，此时可以对其它网卡的配置文件进行修改或将其移除。在 CentOS 7 系统中，网络配置的管理机制与早期版本存在差异，主要体现为采用了 Network Manager 服务来负责网络接口的管理。在某些情形下，尽管修改了 `/etc/sysconfig/network-scripts` 目录下的 `ifcfg-eth0` 文件，但网络配置却未能即时生效。此类问题的发生通常源于 CentOS 7 采用了不同于以往的配置读取方法。接下来将具体阐述如何借助 nmcli 命令来处理这一挑战。以 root 用户身份登录系统并打开终端界面。nmcli 是 Network Manager 提供的命令行界面工具，它支持在命令行环境下执行网络连接的建立、编辑、查询及管理任务。针对修改 eth0 网卡配置的需求，可以遵循以下步骤进行操作： 1. 导航至 `/etc/sysconfig/network-scripts` 目录： ``` cd /etc/sysconfig/network-scripts ``` 2. 检查该目录内是否存在 `ifcfg-eth0.bak` 文件，该备份文件可能是先前调整配置时遗留下来的，若存在可能造成冲突。若发现该文件，可以选择将其删除： ``` [root@localhost netw...

网络管理教程入门至精通软件.txt

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Ansible playbook register参数详解[项目代码]

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鸿蒙App开发全流程实战[可运行源码]

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本文介绍了《鸿蒙App开发全流程实战》一书，该书基于鸿蒙3.0操作系统，面向Web前端开发者，详细讲解了鸿蒙App开发的完整流程。内容涵盖鸿蒙操作系统背景、技术架构、开发环境搭建、JavaScript组件开发、分布式多终端App实战（如计划管理软件）、服务卡片、原子化服务、流转功能等。书中包含大量代码示例和视频讲解，并附赠源码及PPT。文章还提供了赠书活动信息，鼓励读者关注、点赞、收藏和评论以参与抽奖。作者为华为云特约编辑、CSDN博客专家，拥有丰富的开发经验。